Прошло 15 лет после глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Оставшихся в живых ждут ещё более страшные испытания — Землю атакуют Ангелы, загадочные гигантские существа. Единственное оружие на планете, способное им противостоять — роботы серии Евангелион, созданные при помощи передовых биотехнологий. Сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью синхронизировать себя с роботом и управлять им как собственным телом. Бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации NERV, возглавляющей защиту Земли от вторжения. Синдзи, Асука и Рэй — пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих Ангелов.